Der Einsatzablauf in EPS wird in Protokollen dargestellt. Jedes Protokoll erhält automatisch die Erstellzeit und den Ersteller (angemeldeter Benutzer). Die erhaltenen Informationen wie Sachverhalte, Aufträge und Massnahmen, Mitteiler und Empfänger und so weiter, werden im Protokoll aufgenommen.

Protokolle können verschiedene Status haben, zum Beispiel „erledigt“ und „nicht erledigt“.

Protokolle können in Einsätzen mit Führungsstab zusätzlich als Sachbearbeitung oder zur Kenntnisnahme gesteuert werden.